La contaminazione crociata si verifica quando i microrganismi si trasferiscono da un alimento o da una superficie a un altro alimento, spesso attraverso attrezzature da cucina o mani non pulite. Questo fenomeno può portare all'insorgenza di MTA.
Per prevenirla, è essenziale:

1. Separare gli alimenti crudi da quelli pronti al consumo - Gli alimenti crudi, come la carne, possono contenere microrganismi che causano MTA. Quindi, devono essere mantenuti separati dagli alimenti già pronti per il consumo.
2. Utilizzare piani di lavoro e attrezzature separate - Dedicare piani di lavoro e attrezzature diverse alle diverse tipologie di alimenti per evitare la contaminazione crociata.
3. Separare alimenti e utensili sporchi da quelli puliti - Per alimenti sporchi si intendono tutti gli ortofrutticoli che non hanno ancora subito un processo di cernita e lavaggio, le uova e in generale gli alimenti crudi.