La contaminazione biologica degli alimenti si riferisce alla presenza di microrganismi (batteri, virus, prioni) o delle loro tossine, o di organismi più complessi (ad es. funghi, platelminti, nematodi e protozoi) negli alimenti.

La contaminazione biologica degli alimenti può essere di tre tipi:

• Contaminazione primaria - Gli alimenti vengono contaminati all'origine.
• Contaminazione secondaria - Gli alimenti vengono contaminati durante le fasi di lavorazione o trasporto.
• Contaminazione crociata - L'agente patogeno viene trasferito da un alimento all'altro tramite attrezzature e/o operatori.

È accettabile la presenza negli alimenti di microrganismi saprofiti ambientali (che si nutrono di materia organica) o di microrganismi commensali dell'uomo (che vivono abitualmente sulla superficie della cute e delle mucose senza provocare danni), a meno che non siano causa di processi degradativi responsabili di loro alterazioni. Non è invece accettabile la presenza di microrganismi patogeni, che sono agenti causali di patologie nel consumatore.